Este un club relativ tânăr, apărut în 1958, într-o perioadă de declin a fotbalului orădean. S-a ridicat pe ruinele vestitei CAO, campioană a Ungariei pe vremea Dictatului de la Viena, în 1944, sub numele de NAC, şi campioană a României în 1949, sub numele de ICO. FC Bihor nu poate fi considerat urmaşul direct al lui CAO (deci nici nu i se poate atribui palmaresul acesteia, aşa cum, eronat, procedează statistica oficială a federaţiei), şi cu atât mai puţin al lui CGO, una dintre primele grupări fotbalistice apărute pe teritoriul actualei Românii, în 1901, şi care n-a avut vreo legătură cu  CAO. Pe actuala siglă a lui FC Bihor apare anul 1902 (când în Oradea s-a jucat primul meci cu public), dar e doar un exces de zel. Din 1972 se numește FC Bihor, exceptând perioada 2002-2005, când a purtat denumirea de FCO (FC Oradea).
Din păcate, pentru noul club-fanion al Țării Crișurilor nimic n-a mai fost la fel cu vremurile strălucite dinainte. De cinci ani a fost nevoie pentru întâiul acces în D1, dar apoi a urmat un du-te-vino ameţitor între primele două ligi: nu mai puţin de șapte retrogradări din elită. Nici măcar o dată echipa nu a fost în situaţia de-a lupta pentru titlu, cea mai bună clasare însemnând doar locul 7.
Cei mai importanți jucători care au evoluat pentru club au fost Kun II (în anii ’70), Grosu, Cheregi, Muzsnay și Zare (în anii ’80).
A cunoscut, chiar, în anii ‘90, umilinţa Diviziei C. Ultima promovare în A datează din 2003, după un baraj cu Oțelul (câștigat printr-un ”gol de aur”), dar după un singur sezon echipa a revenit în D2. Iar ultima sclipire, un baraj (în trei) de promovare în elită, de astă dată pierdut, a fost în 2006 (când din echipa de bază făcea parte viitorul covăcean V. Miculescu).
Stadionul pe care evoluează echipa se numește Iuliu Bodola, după marele jucător interbelic (unul dintre cei mai mari din istoria României), lansat la CAO.