În 2005, CFR-ul a revenit, după opt ani, în eșalonul secund, într-un moment în care era “satelitul” lui FCU Poli Timișoara. Mariajul cu alb-violeții n-a durat mult.
În vara acestui an, după patru sezoane consecutive în D2, feroviarii au retrogradat în Liga a III-a. Au fost însă reprimiți în divizia secundă, după prima etapă, datorită retragerii lui Liberty Oradea și a faptului că prima dintre retrogradate, CSU Arad, era implicată într-un caz de corupție. În vară au plecat foarte mulți jucători, printre care și ex-fortunistul Neagoie (la Oțelul).
Fără nici un sprijin financiar, cu un lot extrem de slab, în care doar numele lui Sz. Szekely spunea ceva, CFR-ul a fost o pradă extrem de ușoară. Echipa a fost exclusă din campionat, după runda a 12-a, pentru două neprogramări, cauzate de datorii financiare. În acel moment, alb-vișiniii erau pe ultimul loc, cu un singur punct acumulat.
CFR Timișoara se va putea înscrie în ediția viitoare în Liga a III-a (cu o penalizare de 24 puncte, din cauza neîndeplinirii baremului în acest campionat), dar nu va avea drept de repromovare în următoarele două sezoane.
După excludere, echipa, antrenată tot de Florin Bugar, își continuă activitatea, susținând meciuri amicale. Boubătrân și Sz. Szekely au fost transferați la Arieșul Turda.